b3alien
Contents:
Introduction
Architecture
Exemplar workflow to determine the Rate of Establishment
OccurrenceCube Class
GRIIS checklist class
Visualisation module
Simulation module
Utilitary functions
Acknowledgements
b3alien
Index
Index
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A
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B
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C
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D
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F
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G
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I
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M
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O
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P
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R
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S
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T
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V
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_add_species() (b3alien.griis.CheckList method)
_create_xcube() (b3alien.b3cube.OccurrenceCube method)
_filter_species() (b3alien.b3cube.OccurrenceCube method)
_load_gbifcsv() (b3alien.b3cube.OccurrenceCube method)
_load_geoparquet() (b3alien.b3cube.OccurrenceCube method)
_load_GRIIS() (b3alien.griis.CheckList method)
_remove_species() (b3alien.griis.CheckList method)
_species_richness() (b3alien.b3cube.OccurrenceCube method)
A
aggregate_count_per_cell() (in module b3alien.b3cube)
B
b3alien.b3cube
module
b3alien.griis
module
b3alien.simulation
module
b3alien.utils
module
b3alien.visualisation
module
C
calculate_rate() (in module b3alien.b3cube)
CheckList (class in b3alien.griis)
cumulative_species() (in module b3alien.b3cube)
D
detect_runtime() (in module b3alien.utils)
do_taxon_matching() (in module b3alien.griis)
F
filter_multiple_cells() (in module b3alien.b3cube)
filter_multiple_occ() (in module b3alien.b3cube)
filter_time_window() (in module b3alien.b3cube)
find_correlations() (in module b3alien.b3cube)
G
gdf_to_ee_featurecollection() (in module b3alien.visualisation)
get_bootstrap_errors() (in module b3alien.simulation)
get_species_under_genus() (in module b3alien.griis)
get_speciesKey() (in module b3alien.griis)
get_survey_effort() (in module b3alien.b3cube)
I
in_ipython() (in module b3alien.utils)
in_jupyter() (in module b3alien.utils)
in_script() (in module b3alien.utils)
initialize() (in module b3alien.visualisation)
M
module
b3alien.b3cube
b3alien.griis
b3alien.simulation
b3alien.utils
b3alien.visualisation
O
OccurrenceCube (class in b3alien.b3cube)
P
parallel_bootstrap_solow_costello() (in module b3alien.simulation)
plot_cumsum() (in module b3alien.b3cube)
plot_richness() (in module b3alien.b3cube)
plot_with_confidence() (in module b3alien.simulation)
R
read_checklist() (in module b3alien.griis)
run_bootstrap_analysis() (in module b3alien.simulation)
S
simulate_solow_costello() (in module b3alien.simulation)
simulate_solow_costello_scipy() (in module b3alien.simulation)
split_event_date() (in module b3alien.griis)
T
to_geoparquet() (in module b3alien.utils)
V
visualize_ee_layers() (in module b3alien.visualisation)